2005年8月，“雅巴合作”開幕，由于楊致遠和馬云私交甚好，雅虎和阿里巴巴渡過了一段“蜜月期”。不過卻并非沒有嫌隙，前雅虎中國總裁謝文在接受采訪時說：“其實，雅虎和阿里巴巴的關系一直很差。我當初在雅虎中國擔任總裁的時候，楊致遠還沒有走，但是兩個公司的關系也很僵。雅虎想控制雅虎中國，這自然會和阿里巴巴產(chǎn)生矛盾。”
2009年1月，卡羅爾·巴茨上臺，雅巴之間的矛盾公開激發(fā)出來。
2009年3月，巴茨指責馬云沒做好雅虎中國
2009年3月，巴茨和馬云在雅虎總部第一次見面，據(jù)后來多次被媒體引用的描述，楊致遠介紹兩人認識后，就離開了會議室，緊接著，巴茨當著阿里巴巴整個高管團隊的面，指責馬云沒有把雅虎中國做好，“我想直截了當?shù)卣f，因為這關系到我的聲譽，我希望你能從中國雅虎網(wǎng)站上把雅虎的名字去掉。”
有接近阿里巴巴消息源的人士轉述這一場面，稱是“巴茨蠢驢般外交技巧的一次展現(xiàn)”。
而就在這個月，馬云在一次采訪中表示：雅虎去留無所謂，只是一個股東。
2009年9月，雅虎在阿里十周年慶出售股權套現(xiàn)
每年9月10日是網(wǎng)商大會，不僅僅是阿里巴巴集團周年慶的時候，事實上，也是馬云本人的生日。在2009年9月，當阿里巴巴集團忙于慶賀自己的十周年之際，在網(wǎng)商大會舉辦的第二天，美國雅虎毫無預警地出售了持有的1%的股權，以此套現(xiàn)最高可能1.5億美元的現(xiàn)金，以緩解雅虎的經(jīng)營困境。
2010年1月，阿里指責雅虎力挺谷歌退出中國
2010年1月，谷歌宣布將退出中國內(nèi)地市場，雅虎出面力挺谷歌，發(fā)表聲明表示：“我們與谷歌站在同一邊，作為網(wǎng)絡企業(yè)的先鋒，本公司強烈反對任何隱私權的侵犯”。
對這一聲明，阿里巴巴集團內(nèi)部人士對媒體說：“雅虎這樣做，有沒有想到自己在中國還有合作伙伴、以及中國雅虎？”隨后，阿里巴巴發(fā)言人針對雅虎聲明表示：“雅虎就谷歌事件做出的聲明和支持谷歌立場的表態(tài)，是在缺乏事實為證據(jù)的情況下作出的草率行為。阿里巴巴對此并不同意。”
2010年9月，衛(wèi)哲稱阿里已不再需要雅虎
2010年5月阿里巴巴股東大會上，阿里巴巴集團首席財務官蔡崇信表示：“只要雅虎愿意，阿里巴巴愿意回收其所持有的阿里巴巴全部股份。”蔡崇信表示阿里巴巴不缺錢，不過是雅虎還不愿賣。
2010年9月，又一個網(wǎng)商大會期間，雅虎香港總經(jīng)理蔡寶德表示，雅虎正在考慮吸引內(nèi)地客戶到雅虎香港網(wǎng)站投放廣告。
對此，阿里巴巴發(fā)言人表示：“如果雅虎確實在中國客戶上與阿里巴巴競爭，我們將根據(jù)該舉動及其隱含的意圖重新評估與雅虎的合作關系。”
而時任阿里巴巴首席執(zhí)行官衛(wèi)哲言辭更激烈：“不再擁有搜索引擎技術的雅虎只是一個金融投資者，阿里巴巴已不再需要雅虎。”這是阿里巴巴首次公開表達對其最大股東的嫌棄。他還把雅虎和阿里巴巴的關系，比作日漸疏遠的爺孫。“爺爺總是要死的。”
9月12日，雅虎發(fā)言人在回應衛(wèi)哲的言論時表示，將維持阿里巴巴的39%持股不變，近日發(fā)展不會影響其于阿里巴巴集團的投資。
2010年9月，巴茨首次公開贊賞馬云
之后形勢竟似乎有峰回路轉之勢，9月15日，據(jù)《華爾街日報》報道，巴茨談及雅虎與阿里巴巴最近的緊張關系時表示，她與馬云之間一直保持良好的合作關系，并透露在最近一次微軟高峰會議上，她整天都與馬云鄰座。她表示，“馬云未來一定能將公司做得很好。”這是巴茨首次公開對馬云贊賞。巴茨并表示她本人可能會在2010年晚些時候加入阿里巴巴董事會。
2010年10月，雅虎沒有增加在阿里董事會的席位
根據(jù)2005年雙方簽訂合作協(xié)議，2010年10月雅虎將獲得在阿里巴巴董事會的另一席位。
這一協(xié)議引發(fā)業(yè)界對“馬云等管理團隊是否會失去控制權”的猜想，對此，10月12日，馬云在中國計算機大會上表示，雖然外資是阿里巴巴的大股東，但是外資不會控制阿里巴巴，自己會掌控阿里巴巴的未來，他說：“我堅信不移的事情是：資本家永遠是舅舅，你是這個企業(yè)的父母，你要掌握這個企業(yè)的未來。股東永遠是第三位，(資本)永遠是舅舅，買奶粉的錢不夠就借一點。”
2010年10月19日，巴茨在雅虎財報會議上，雅虎對阿里巴巴的投資證明了雅虎創(chuàng)始人楊致遠“具有遠見之明”。并且說：“我對馬云、阿里巴巴的團隊以及他們的成就非常尊重。我們知道在他們現(xiàn)在發(fā)展的業(yè)務中具有巨大的價值。這是一項重要的投資，我們將致力于建立一項良好的商務關系。除此之外，我現(xiàn)在或未來都不會對雅虎向他們的投資進行評論。”
截止目前，雅虎并沒有增加在阿里巴巴董事會的席位，2011年2月，時任雅虎CFO蒂姆·莫爾斯（Tim Morse）表示，公司未在阿里巴巴任命新董事，是因沒雅虎還沒有找到"一個可增加價值的特殊地位的人"，與楊致遠搭檔，一起在阿里巴巴董事會代表雅虎。"我們還沒有任命新董事，主要是因為目前情況不錯。目前沒有很大必要打破平衡"。
2011年5月，支付寶股權變更風波
不過，當2011年5月10日“支付寶股權變更”一事浮出水面時，人們發(fā)現(xiàn)，平衡已被打破，變化早已靜悄悄地發(fā)生著。
5月10日，雅虎在提交給SEC的文件中表示，阿里巴巴集團已經(jīng)將支付寶的所有權轉讓給馬云控股的另一家中國內(nèi)資公司。支付寶公司解釋，這一變動是為了獲取牌照，在去年已經(jīng)完成。
之后，雅虎和阿里巴巴開始口水仗，雅虎聲明直到今年3月31日才獲悉發(fā)生于去年8月的股權轉移之事，股權轉移未獲董事會批準，而馬云則稱早已獲得董事會的授權。
5月16日，雙方發(fā)表聯(lián)合聲明，將努力解決支付寶糾紛。之后此事的爭論一直在持續(xù)。
7月29日，阿里巴巴集團、雅虎以及軟銀宣布，三方已就支付寶達成了一項協(xié)議，支付寶控股公司承諾在上市時予以阿里巴巴集團一次性現(xiàn)金回報，回報額為支付寶在上市時總市值的37.5%(以IPO價為準)，回報額將不低于20億美元且不超過60億美元。有評論認為，根據(jù)這一協(xié)議，馬云及阿里管理層實際上實現(xiàn)了對支付寶業(yè)務的非典型MBO，實現(xiàn)了對支付寶的100%控制。
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